ABOUT THIS RECORDspecies: Glycine max
source: miRBase, original name: gma-MIR1517 (MI0007230)
Taxonomy by NCBI:
Glycine max Glycine Phaseoleae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AGTCTTGGTCAATGTCGTTCGAAA miRNA* TTGACCGACATTAGACATGACTAT mismatches: 3 bulges: 2 |
pre-miRNA
GCTAGGTATTTTTGACCGACATTAGACATGACTATTTTTAGTCGACATTGACTAAGTTTTTACAGTCGACATCCACTAGAGTTTTTTCGATCGACATCGG
TCAAAGCAATTTTTTAGCCAACATCAATCAAGGCTATTTTATAGCCGATGTTGGGTAGGGTTTTTTATTCGACATCAGTCAGGGCTATTTTTTAGCCAAC
TTCGACTAGAGATTTTTCAGCCAACATTGACTAATGATGTTTTTCAGTCGACATCGGGTAGGTTCTATTGGTCGGCATCGACCAAGCTATTTTTTAGTCG
ATACTAGATAGATTTTTTTGTCAACGCCTGCTAGGATTTTTTAGGTTGACGTTGGCTAAAAATAGTCTTGGTCAATGTCGTTCGAAAAAACCCTAGT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: 454
references
[1] Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
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TCAAAGCAATTTTTTAGCCAACATCAATCAAGGCTATTTTATAGCCGATGTTGGGTAGGGTTTTTTATTCGACATCAGTCAGGGCTATTTTTTAGCCAAC
TTCGACTAGAGATTTTTCAGCCAACATTGACTAATGATGTTTTTCAGTCGACATCGGGTAGGTTCTATTGGTCGGCATCGACCAAGCTATTTTTTAGTCG
ATACTAGATAGATTTTTTTGTCAACGCCTGCTAGGATTTTTTAGGTTGACGTTGGCTAAAAATAGTCTTGGTCAATGTCGTTCGAAAAAACCCTAGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD gma-miR1517: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454
references
[1] Subramanian S, Fu Y, Sunkar R, Barbazuk WB, Zhu JK, Yu O, BMC Genomics. 9:160(2008)., "Novel and nodulation-regulated microRNAs in soybean roots"
