ABOUT THIS RECORDspecies: Medicago truncatula
source: miRBase, original name: mtr-MIR2199 (MI0010859)
Taxonomy by NCBI:
Medicago truncatula Medicago Trifolieae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGATACACTAGCACGGATCAC miRNA* GATCCGTTCTAGTGTATCATA mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATATGTGCTGTGCAATTGTGATCCGTTCTAGTGTATCATACAATTCACAGCTTAATATTGATTAATTCCAGTTTATTAATTTGGAATATATATCTTTTGA
TAGAGGCCTAGGTCACTAATTTTCTTGTTTTAATATATTTAAGAAAATATCATATGATATCTTCATCTTTGCTTTCTATATCACTTATATAATTAACATG
TTAGCTACATAGATCTATGCAATACAGTAATTAAATATCATATTACAAAATATCAAATTCATACGTTCTTTTTCCTTTGTTTTTGGTTGGTTGAGAAATC
ACTACCATTTTTTGTTGATACATATAATTAGAAAACAAGTATATACATATATCAAGATTAACCGTATAGTTTAATGGCCTTTATATGAAAATTTTTATGT
TCTTAAACTAAACTGGAAATATTTGAGAGCTGGGATATTTTTGATACACTAGCACGGATCACCGTTGTGGGTCACGTAAAAAATAAATGGGCATGGTGGT
GTGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
degradome data
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evidence: 454, Northern
references
[1] Jagadeeswaran G, Zheng Y, Li YF, Shukla LI, Matts J, Hoyt P, Macmil SL, Wiley GB, Roe BA, Zhang W, Sunkar R, New Phytol. 184:85-98(2009)., "Cloning and characterization of small RNAs from Medicago truncatula reveals four novel legume-specific microRNA families"
ATATGTGCTGTGCAATTGTGATCCGTTCTAGTGTATCATACAATTCACAGCTTAATATTGATTAATTCCAGTTTATTAATTTGGAATATATATCTTTTGA
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ACTACCATTTTTTGTTGATACATATAATTAGAAAACAAGTATATACATATATCAAGATTAACCGTATAGTTTAATGGCCTTTATATGAAAATTTTTATGT
TCTTAAACTAAACTGGAAATATTTGAGAGCTGGGATATTTTTGATACACTAGCACGGATCACCGTTGTGGGTCACGTAAAAAATAAATGGGCATGGTGGT
GTGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD mtr-miR2199: 3e-88 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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degradome data
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evidence: 454, Northern
references
[1] Jagadeeswaran G, Zheng Y, Li YF, Shukla LI, Matts J, Hoyt P, Macmil SL, Wiley GB, Roe BA, Zhang W, Sunkar R, New Phytol. 184:85-98(2009)., "Cloning and characterization of small RNAs from Medicago truncatula reveals four novel legume-specific microRNA families"
