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ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST040860
species: Medicago truncatula
miRNA family: MIR2618
source: miRBase, original name: mtr-MIR2618a (MI0011884)

Taxonomy by NCBI:
Medicago truncatula Medicago Trifolieae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
GTGAATTCAGTTTACGTACGTT

miRNA*
TTTACGTATGTTCAATTTAGGT

mismatches: 6
bulges: 0

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pre-miRNA
GTAGGTTAATGTAATTTCAGTTTACGTATGTTCAATTTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTACTTATGTATATGGTGTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTACG
TATATTCAATTTAGTTTAATGTAAATTCAATTTACGTATGTTAAATTTAGGTTAACGTAAATTAAGTTTACGTATGTTTATAAGAGGTTAGTATGAATTT
AGTTTAGTTATGTTTAATCTAGGTTAATGTAAATTCAGTTTATTTATGTTCAATTTAAGTTAATGTAAATTAATTTTACGTATGTATATAAGAGATTAGT
GTGAATTCAGTTTACGTACGTT
CAATTTATGTTAATGTAA


dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase mtr-MIR2618b: 7e-42

PMRD no hits

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454

references

[1] Lelandais-Briere C, Naya L, Sallet E, Calenge F, Frugier F, Hartmann C, Gouzy J, Crespi M, Plant Cell. 21:2780-2796(2009)., "Genome-wide Medicago truncatula small RNA analysis revealed novel microRNAs and isoforms differentially regulated in roots and nodules"




Liczniki na strone;