ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR445
source: miRBase, original name: osa-MIR445d (MI0001712)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAAATTAGTGTATAAACATCCGAT miRNA* CAGATGTTATGACACTAATTAAAA mismatches: 6 bulges: 0 |
pre-miRNA
TGGCCAAAATTTAGTCCCTGTCACATCAGATGTTATGACACTAATTAAAAGTATTAAACATAGACTAATGACAAACCCCATTCCATAACCCTGGATTAAT
TCGCGAGATGAATCTATTGAGTCTAATTAATCAATGATTAGCCTATGTGATGCTACACTAAACATGTGTTAATTATGGATTAATTAGGCTTAAAAATTTT
GTCTCACGAATTAGCTCTCATTTATGCAATTATTAGTTTTGTAAGTAGTTTATGTTTAATATCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGATAGGGACTA
AAGTTGGATCCA
dot-bracket secondary structure
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evidence: cloned
references
[1] Sunkar R, Girke T, Jain PK, Zhu JK, Plant Cell. 17:1397-1411(2005)., "Cloning and characterization of microRNAs from rice"
TGGCCAAAATTTAGTCCCTGTCACATCAGATGTTATGACACTAATTAAAAGTATTAAACATAGACTAATGACAAACCCCATTCCATAACCCTGGATTAAT
TCGCGAGATGAATCTATTGAGTCTAATTAATCAATGATTAGCCTATGTGATGCTACACTAAACATGTGTTAATTATGGATTAATTAGGCTTAAAAATTTT
GTCTCACGAATTAGCTCTCATTTATGCAATTATTAGTTTTGTAAGTAGTTTATGTTTAATATCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGATAGGGACTA
AAGTTGGATCCA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR445a: 1e-37 PMRD osa-miR445d: 6e-178 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: osa-miR445d from PMRD (MNEST049011) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets
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evidence: cloned
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[1] Sunkar R, Girke T, Jain PK, Zhu JK, Plant Cell. 17:1397-1411(2005)., "Cloning and characterization of microRNAs from rice"
