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ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST042097
species: Oryza sativa
miRNA family: MIR445
source: miRBase, original name: osa-MIR445f (MI0001714)

Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TAAATTAGTGTATAAACATCCGAT

miRNA*
CGAATGTTTGACGCTAATTTGGA

mismatches: 1
bulges: 1

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pre-miRNA
AGATGGGGCTAAAACTTTTTAGTCCGTGTCACATCGAATGTTTGACGCTAATTTGGAGTATTAAACATAGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAA
AGCTAATCTGCGGGACGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTATGAAAAGTTTACTAATCATGGTGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAA
TTAGTCCAAGGTTATAGAATAGGTTTTATAATTAGTGTATGTTTAATACTCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGACAGGGACTTAAAATAAGTCCC
TGTTT


dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase osa-MIR445h: 2e-137

PMRD osa-miR445f: 3e-161

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits

MORE

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HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned

references

[1] Sunkar R, Girke T, Jain PK, Zhu JK, Plant Cell. 17:1397-1411(2005)., "Cloning and characterization of microRNAs from rice"




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