ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR445
source: miRBase, original name: osa-MIR445h (MI0001716)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAAATTAGTGTATAAACATCCGAT miRNA* TGAATGTTTGACACTAATTTGGA mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTTTTAGTCCGTGTCACATTGAATGTTTGACACTAATTTGGAGTATTAAACATAGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAAAGCTAATCTGCGAGA
CGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTATGAAAAGTTTACTAATCATGGTGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAATTAGTCCAAGGTTAT
AGAATAGGTTTTATAATTAGTGTATGTTTAATACTCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGACAGGGACTTAAAA
dot-bracket secondary structure
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evidence: cloned
references
[1] Sunkar R, Girke T, Jain PK, Zhu JK, Plant Cell. 17:1397-1411(2005)., "Cloning and characterization of microRNAs from rice"
TTTTTAGTCCGTGTCACATTGAATGTTTGACACTAATTTGGAGTATTAAACATAGACTAATAAAAAAACTAATTTCATAAATGAAAGCTAATCTGCGAGA
CGAATTTTTTAAGCCTAATTAATCCATAATTATGAAAAGTTTACTAATCATGGTGTAATTAGACTCAAAAGATTCGTCTCGCGAATTAGTCCAAGGTTAT
AGAATAGGTTTTATAATTAGTGTATGTTTAATACTCTAAATTAGTGTATAAACATCCGATGTGACAGGGACTTAAAA
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR445f: 2e-137 PMRD osa-miR445h: 1e-144 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Sunkar R, Girke T, Jain PK, Zhu JK, Plant Cell. 17:1397-1411(2005)., "Cloning and characterization of microRNAs from rice"
