ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR806
source: miRBase, original name: osa-MIR806c (MI0005212)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATGTGCTAAAAAGTCAACGGTG miRNA* CCGTTGACTTTTTAGTACGTAT mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
GAAGATAGCTTGTAATGTACTCCCTCCGTTTCAAAATGTTTGACACCGTTGACTTTTTAGTACGTATTTGATCATTCGTCTTATTCAAAAAATTTAAGTA
ATTATTTATTTTTTTCATATCGTTTGATTTATTGTTAAATATACTTTCATGTACACATATAGTTTTACATATTTCATAAAATTTTTTGAATAAGACGAAT
GGTCAAACATGTGCTAAAAAGTCAACGGTGTCAAACATTTCGAAACGGATGGAGTATTTATTGTAACTTT
dot-bracket secondary structure
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Luo YC, Zhou H, Li Y, Chen JY, Yang JH, Chen YQ, Qu LH, FEBS Lett. 580:5111-5116(2006)., "Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development"
GAAGATAGCTTGTAATGTACTCCCTCCGTTTCAAAATGTTTGACACCGTTGACTTTTTAGTACGTATTTGATCATTCGTCTTATTCAAAAAATTTAAGTA
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR806g: 4e-83 PMRD osa-miR806c: 2e-140 microPC miR806: 1e-36 | UniProt no hits RFAM MIR806: 2e-79 |
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[1] Luo YC, Zhou H, Li Y, Chen JY, Yang JH, Chen YQ, Qu LH, FEBS Lett. 580:5111-5116(2006)., "Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development"
