ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR806
source: miRBase, original name: osa-MIR806e (MI0005214)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ATGTGCTAAAAAGTCAACGGTG miRNA* CCGTTGACTTTTTAGCATATGT mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
TTAGGTAATACTCCATCCGTTTCAAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTTAGCATATGTTTGACCGTTCGTCTTATTCAAAAAATTTAAGTAATTATTAAT
TCTTTTCTTATCATTTAATTTATTGTTAAATATATTTTTATGTAGGCATATAATTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTAAATAAGACGAACGGTCAAACA
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non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Luo YC, Zhou H, Li Y, Chen JY, Yang JH, Chen YQ, Qu LH, FEBS Lett. 580:5111-5116(2006)., "Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development"
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR806f: 2e-47 PMRD osa-miR806e: 7e-60 microPC miR806: 7e-29 | UniProt sp|P0C282|SAP18_ORYSJ: 0.001 RFAM MIR806: 4e-46 |
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[1] Luo YC, Zhou H, Li Y, Chen JY, Yang JH, Chen YQ, Qu LH, FEBS Lett. 580:5111-5116(2006)., "Rice embryogenic calli express a unique set of microRNAs, suggesting regulatory roles of microRNAs in plant post-embryogenic development"
