ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR812
source: miRBase, original name: osa-MIR812j (MI0008299)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AAGACGGATGATTAAAGTTGGACA miRNA* TCCAACTTTAATTGTTCGTCTTAT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGAGTGCATCCTTGGTCTTGGATAGTACTTCCTTTGTCCCAAAATAAGCGTAGCCATGAGTTTTCTTGTCCAACTTTAATTGTTCGTCTTATTTAATTTT
TTTTTGAAAAAACTAAAAAACACAAGTCACGCATAAACTACTATTCATGTTTTATAATCTAATAACAATAAAAATACTAATCATACAAAAATTTCAAATA
AGACGGATGATTAAAGTTGGACACGGAAACTCATGGCTGCGTTTATTTTGTGACGGAGAGAGTACTATTGGAAAGATCAGCTAGTTGGAAAATGCCA
dot-bracket secondary structure
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HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: 454
references
[1] Zhu QH, Spriggs A, Matthew L, Fan L, Kennedy G, Gubler F, Helliwell C, Genome Res. 18:1456-1465(2008)., "A diverse set of microRNAs and microRNA-like small RNAs in developing rice grains"
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR812n: 9e-38 PMRD osa-miR812j: 7e-128 microPC miR812: 1e-21 | UniProt no hits RFAM MIR812: 1e-46 |
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[1] Zhu QH, Spriggs A, Matthew L, Fan L, Kennedy G, Gubler F, Helliwell C, Genome Res. 18:1456-1465(2008)., "A diverse set of microRNAs and microRNA-like small RNAs in developing rice grains"
