ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR812
source: miRBase, original name: osa-MIR812l (MI0017246)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ACGAACGGTTAAAGTTGGACGCGG miRNA* GTATTCAATTTTGATCGTTCGTCT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
AGTACTTCCTCCGTCCTATTTTAAGTGCAACCATATATTTTCGTATTCAATTTTGATCGTTCGTCTTATTTTAATTTTTTTGTAATTAATATTTTTGTTG
TTATAAGATGATAAAACATGCATAGTATTTTACGCGTGACTTATGTTTTAAATTTTTTCTAAAATTTTTTTAAATAAGACGAACGGTTAAAGTTGGACGC
GGAAAATTATGGATGCACTTAAAGTGGGATGGAGGGAGTATT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: Solexa
references
[1] Li T, Li H, Zhang YX, Liu JY, Nucleic Acids Res. [Epub prior to print](2010)., "Identification and analysis of seven H2O2-responsive miRNAs and 32 new miRNAs in the seedlings of rice (Oryza sativa L. ssp. indica)"
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR812m: 0.0000000000009 PMRD osa-miR812b: 0.000000003 microPC miR812: 0.0002 | UniProt no hits RFAM MIR812: 4e-43 |
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[1] Li T, Li H, Zhang YX, Liu JY, Nucleic Acids Res. [Epub prior to print](2010)., "Identification and analysis of seven H2O2-responsive miRNAs and 32 new miRNAs in the seedlings of rice (Oryza sativa L. ssp. indica)"
