ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
source: miRBase, original name: osa-MIR1881 (MI0008287)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AATGTTATTGTAGCGTGGTGGTGT miRNA* ACCACTACGCTACAATAACGTTGA mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
AACCAAGTTAAAATGCTCATAGGTATGAACAAGCATCAATGTTATTGTAGCGTGGTGGTGTGACCTCTGTGCACGTAAGCTTGAGGCAGCAAGTTCGACT
CCTTCAAAAGGAAGATTTGTACCGCTGGGGAAGTGCCAGAAGAAAAGAACAAGGAAGACTTGCTAGCAGGACAAAAGGACGGTAAACTTGGAAAAAAAAA
GGTCCAGAAGAAAAGAACAAAGAAGAACTGCTTGAAGGAGTCGAACTTGCTACCTCAAGCTTGCGTGCACATAGGTCACACCACTACGCTACAATAACGT
TGATGCTTGTTCAGACCTGTGAGCATTTTAACTTGGTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: 454
references
[1] Zhu QH, Spriggs A, Matthew L, Fan L, Kennedy G, Gubler F, Helliwell C, Genome Res. 18:1456-1465(2008)., "A diverse set of microRNAs and microRNA-like small RNAs in developing rice grains"
AACCAAGTTAAAATGCTCATAGGTATGAACAAGCATCAATGTTATTGTAGCGTGGTGGTGTGACCTCTGTGCACGTAAGCTTGAGGCAGCAAGTTCGACT
CCTTCAAAAGGAAGATTTGTACCGCTGGGGAAGTGCCAGAAGAAAAGAACAAGGAAGACTTGCTAGCAGGACAAAAGGACGGTAAACTTGGAAAAAAAAA
GGTCCAGAAGAAAAGAACAAAGAAGAACTGCTTGAAGGAGTCGAACTTGCTACCTCAAGCTTGCGTGCACATAGGTCACACCACTACGCTACAATAACGT
TGATGCTTGTTCAGACCTGTGAGCATTTTAACTTGGTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD osa-miR1881: 2e-177 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: 454
references
[1] Zhu QH, Spriggs A, Matthew L, Fan L, Kennedy G, Gubler F, Helliwell C, Genome Res. 18:1456-1465(2008)., "A diverse set of microRNAs and microRNA-like small RNAs in developing rice grains"
