ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR445
source: miRBase, original name: osa-MIR2124e (MI0010719)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ACTTTAAATGTGTGTCCGTATATT miRNA* TGTTTGGACACATGCATGGAGTAT mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATGTTTGGACACATGCATGGAGTATTAAATATAAAAAAAAACCAATTACACAAATTGCGTGTAAATTGCGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTGCTCCAT
GATTTGACAATGTGGTGCTACAATAAACATTTGCTAATGACAGATTAATTAGACATAATAAATTCGTCTCGCAGTTTATAGGCGGAATATGTAATTTGTT
TTGTTATTAGTCTACGTTTAATACTTTAAATGTGTGTCCGTATATTC
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Huang SQ, Peng J, Qiu CX, Yang ZM, J Inorg Biochem. 103:282-287(2009)., "Heavy metal-regulated new microRNAs from rice"
ATGTTTGGACACATGCATGGAGTATTAAATATAAAAAAAAACCAATTACACAAATTGCGTGTAAATTGCGAGACGAATCTTTTAAGCCTAATTGCTCCAT
GATTTGACAATGTGGTGCTACAATAAACATTTGCTAATGACAGATTAATTAGACATAATAAATTCGTCTCGCAGTTTATAGGCGGAATATGTAATTTGTT
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR2124a: 5e-76 PMRD osa-miR442: 2e-72 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Huang SQ, Peng J, Qiu CX, Yang ZM, J Inorg Biochem. 103:282-287(2009)., "Heavy metal-regulated new microRNAs from rice"
