ABOUT THIS RECORDspecies: Oryza sativa
miRNA family: MIR445
source: miRBase, original name: osa-MIR2124h (MI0010724)
Taxonomy by NCBI:
Oryza sativa Oryza Oryzeae Ehrhartoideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ACTTTAAATGTGTGTCCGTATATT miRNA* TGTTTGGACACATGCATGGAGTAT mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTCAAATCAAATGTTTGGACACATGCATGGAGTATTAAATATAATAAAAATAACTAATTACACAGATTGTGTGTAAATTACGAGATGAATCTTTTAAGCC
TAATTGCTTCTTGATTTGACAATGTGGTGCTACAATGTGGTGCTACAGTAAACATATGCTAACGAGGGATTAATTAGGCTTAATAAATTTGTCTCGCGGT
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dot-bracket secondary structure
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evidence: cloned
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[1] Huang SQ, Peng J, Qiu CX, Yang ZM, J Inorg Biochem. 103:282-287(2009)., "Heavy metal-regulated new microRNAs from rice"
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SIMILARITIES| miRBase osa-MIR2124e: 2e-60 PMRD osa-miR442: 9e-41 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Huang SQ, Peng J, Qiu CX, Yang ZM, J Inorg Biochem. 103:282-287(2009)., "Heavy metal-regulated new microRNAs from rice"
