ABOUT THIS RECORDspecies: Triticum aestivum
miRNA family: MIR444
source: miRBase, original name: tae-MIR444 (MI0006178)
Taxonomy by NCBI:
Triticum aestivum Triticum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC miRNA* ACCGAGCATGAGGCAACAACT mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
GACTCGAGATATGCATGTGGCGGCACCGAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCGGGGAAGGCGCAAGTAGGACACCTGCATTACTTGCAAACAAGGC
GCAAAATTAATAGAAGATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAGCTATCAGAAAAA
ACATAAAGTTCTGTTAGTTTCCCTAAACTTTAAAAACATAAAGTTCTGTTAGTTTCCCTAAACTTTAAAACATGTTCTACAAAATTGATCTAGAAATGAT
TGGCTTACTGTGCTAATTTAAAGCAATATAATTACTCGACAACTGCATATGCACATGTTAGAAGCAAGGCAGTAGAATACTTATGTTTTCATCTACTGGC
AGGTAGCAACATGTATAGATATATCA
dot-bracket secondary structure
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evidence: cloned
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[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
GACTCGAGATATGCATGTGGCGGCACCGAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCGGGGAAGGCGCAAGTAGGACACCTGCATTACTTGCAAACAAGGC
GCAAAATTAATAGAAGATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAGCTATCAGAAAAA
ACATAAAGTTCTGTTAGTTTCCCTAAACTTTAAAAACATAAAGTTCTGTTAGTTTCCCTAAACTTTAAAACATGTTCTACAAAATTGATCTAGAAATGAT
TGGCTTACTGTGCTAATTTAAAGCAATATAATTACTCGACAACTGCATATGCACATGTTAGAAGCAAGGCAGTAGAATACTTATGTTTTCATCTACTGGC
AGGTAGCAACATGTATAGATATATCA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase tae-MIR444b: 3e-57 PMRD tae-miR444: 0 microPC miR444: 9e-82 | UniProt sp|Q6Z6W2|MAD57_ORYSJ: 0.0002 RFAM MIR444: 9e-67 |
Identical with: tae-miR444 from PMRD (MNEST054691) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: cloned
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[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
