ABOUT THIS RECORDspecies: Triticum aestivum
miRNA family: MIR1122
source: miRBase, original name: tae-MIR1122 (MI0006184)
Taxonomy by NCBI:
Triticum aestivum Triticum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGATACATCCGTATCTAGA miRNA* TAAATACGTATGTATCAAGT mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATAAGTACTCCCTCTGTTCCTAAATACTCCCTCCGTCCCAAAAATTTTGGCTTAGATTTGTCTAAATACGTATGTATCAAGTCATGTTTTAGTATTAGAT
ACATCCGTATCTAGACTAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATAAGTCTTTTTAGAGATTCCACTACAAACTACATACGGATGTATATAGA
CATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTACTTCGTATGTAGTCCATAGTGGAATCTCTAAGAAGGCATATATTTAGGAACAGAGGGTGTACCA
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned, RTPCR
references
[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
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SIMILARITIES| miRBase tae-MIR1126: 2e-23 PMRD tae-miR1122: 7e-168 microPC miR1436: 1e-33 | UniProt no hits RFAM MIR1122: 3e-47 |
Identical with: tae-miR1122 from PMRD (MNEST054697) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: cloned, RTPCR
references
[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
