ABOUT THIS RECORDspecies: Triticum aestivum
source: miRBase, original name: tae-MIR1123 (MI0006185)
Taxonomy by NCBI:
Triticum aestivum Triticum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCGTGAGACCTGGTCTCATAGA miRNA* TATGAGACCAGGTCTCATATAAA mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
AAAAAAATTATATGAGACCAGGTCTCATATAAATCAGGTGAGACCCGCCCTGATGAATGACATGTGGAATTCACAAATCACAAAGCATCTAATCTCTCCC
CCCCTGATTTCAGGTGGGGGGTGGGGTGGATGCTTTGTGATTTGTGAATGACACGTGTCATCCATCAGGATGGGTCTCACCTGCTAATCCGTGAGACCTG
GTCTCATAGAATTTTTTT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
AAAAAAATTATATGAGACCAGGTCTCATATAAATCAGGTGAGACCCGCCCTGATGAATGACATGTGGAATTCACAAATCACAAAGCATCTAATCTCTCCC
CCCCTGATTTCAGGTGGGGGGTGGGGTGGATGCTTTGTGATTTGTGAATGACACGTGTCATCCATCAGGATGGGTCTCACCTGCTAATCCGTGAGACCTG
GTCTCATAGAATTTTTTT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD tae-miR1123: 4e-101 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned, Northern
references
[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
