ABOUT THIS RECORDspecies: Lactuca sativa
source: microPC, original name: miR159
Taxonomy by NCBI:
Lactuca sativa Lactuca Lactucinae Cichorieae Cichorioideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGATTGAAGGGAGCTCTA miRNA* GAGCTCCTTGAAGTCCAATA mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
TAGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGATCTGAGTGGGAATATCGAGCTGCTGGTCTATGGACCCCTCAAGTCCTATCTTTGTTGTTGTATAGGCTTTGTG
GCTTGCATACGCCAGGAGATTCATTATCCTTTTTCTGATCCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA
dot-bracket secondary structure
(((((((((((..(((((((.((((((((.(((.((((.((..(((((.(((((.((((.(..((.((((.((((((.........).))))).)))).)
)..).)))).))))).)).)))..))))))..))).))))))))..)))))))..)))))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
TAGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAGGATCTGAGTGGGAATATCGAGCTGCTGGTCTATGGACCCCTCAAGTCCTATCTTTGTTGTTGTATAGGCTTTGTG
GCTTGCATACGCCAGGAGATTCATTATCCTTTTTCTGATCCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA
dot-bracket secondary structure
(((((((((((..(((((((.((((((((.(((.((((.((..(((((.(((((.((((.(..((.((((.((((((.........).))))).)))).)
)..).)))).))))).)).)))..))))))..))).))))))))..)))))))..)))))))))))
SIMILARITIES| miRBase rco-MIR159: 0.000000009 PMRD vvi-miR159c: 0.0000001 microPC miR159: 1e-78 | UniProt no hits RFAM MIR159: 0.0000002 |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
