ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
source: microPC, original name: miR319
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGGATTGAAGGGAGCTC miRNA* GCTCCTTAAAGTTCAAACG mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GAGCTCCTTAAAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAACCTTAAACATAGAAAAAGGATTTTG
GTTATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTC
dot-bracket secondary structure
(((((((((..((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..((((((...........)))).))..)
))).)))))..).)))).)).)).))))))...)))))))......)))...)))))).))))))))..)))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
GAGCTCCTTAAAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAACCTTAAACATAGAAAAAGGATTTTG
GTTATATGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATGGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTC
dot-bracket secondary structure
(((((((((..((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..((((((...........)))).))..)
))).)))))..).)))).)).)).))))))...)))))))......)))...)))))).))))))))..)))))))))
SIMILARITIES| miRBase aly-MIR159a: 1e-72 PMRD bra-miR159a: 3e-67 microPC miR159: 3e-98 | UniProt no hits RFAM MIR159: 3e-64 |
Identical with: miR159 from microPC (MNEST045981) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
