ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
source: microPC, original name: miR159
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGATTGAAGGGAGCTCTA miRNA* GGGCTCCTTATAGTTCAAAC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
TAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTCAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATTTATAAAAAGGATTTG
GTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA
dot-bracket secondary structure
(((((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..(((((((.........))))))).)
))).)))))..).)))).)).)).))))))...))))))......))))...)))))).))))))))).)))))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
TAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTCAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATTTATAAAAAGGATTTG
GTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA
dot-bracket secondary structure
(((((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..(((((((.........))))))).)
))).)))))..).)))).)).)).))))))...))))))......))))...)))))).))))))))).)))))))))))
SIMILARITIES| miRBase bra-MIR159a: 1e-94 PMRD bra-miR159a: 1e-94 microPC miR159: 2e-99 | UniProt no hits RFAM MIR159: 9e-62 |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
