ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica rapa
miRNA family: MIR824
source: PMRD, original name: bra-miR824
Taxonomy by NCBI:
Brassica rapa Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGACCATTTGTGAGAAGGGA miRNA* CCTTCTCATCGATGGTCTAGA mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
CCTCGAGTTGTCTTTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGATTTTTTGTTTGCACCGTTCACCCCACTCTCAATCTGTAGTGAGTATTAAGGAAAATAG
CTTGTTCAACATATCACACTACTCTTTTAGAAACAAAACTATATTTTAGATGCTTTTCCAGCTTGATATACGTTGTTTTGTTATGTATACCTGTATTCTC
CCGGCTACCAAAACGTTAAGAAATAAGGTGAACATCTCCCCAAAACCTGCATCCAATTAGAAAGGTCTAGGTCACAGCCATTACTTGCTATCTCTCGATT
AAGCTATTTTATTTCTATCATCATCATCAGATCATTCAGGAGTTAAGTATAAAATAAAATACATTAAGTCCATTCATGACATTTCTGGATGCTGCATACA
TAATATTTTGTTTTTGGACTATGCCACACTTCGGACAGACATTTTTCCTACGAGATGTCAAACCTCTGTCTGGAGTGTTAGAGGTATTTCATGATAGCTA
AGAACTTGAATCTTGCACTACTTAGCTACACTAGTTTACTTCATAGTAAATAACTTGGGGAGTGGGGAAGGTGCTGGGTTATTAGTCCCTTCTCATCGAT
GGTCTAGATGTGCGAGGTGACTCTCATTGAGG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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references
[1] Kutter C, Schob H, Stadler M, Meins F Jr, Si-Ammour A, Plant Cell. 19:2417-2429(2007)., "MicroRNA-mediated regulation of stomatal development in Arabidopsis"
CCTCGAGTTGTCTTTCATGTCTAGACCATTTGTGAGAAGGGATTTTTTGTTTGCACCGTTCACCCCACTCTCAATCTGTAGTGAGTATTAAGGAAAATAG
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CCGGCTACCAAAACGTTAAGAAATAAGGTGAACATCTCCCCAAAACCTGCATCCAATTAGAAAGGTCTAGGTCACAGCCATTACTTGCTATCTCTCGATT
AAGCTATTTTATTTCTATCATCATCATCAGATCATTCAGGAGTTAAGTATAAAATAAAATACATTAAGTCCATTCATGACATTTCTGGATGCTGCATACA
TAATATTTTGTTTTTGGACTATGCCACACTTCGGACAGACATTTTTCCTACGAGATGTCAAACCTCTGTCTGGAGTGTTAGAGGTATTTCATGATAGCTA
AGAACTTGAATCTTGCACTACTTAGCTACACTAGTTTACTTCATAGTAAATAACTTGGGGAGTGGGGAAGGTGCTGGGTTATTAGTCCCTTCTCATCGAT
GGTCTAGATGTGCGAGGTGACTCTCATTGAGG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD bna-miR824: 0 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR824: 0 |
Identical with: bna-MIR824 from miRBase (MNEST040300) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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references
[1] Kutter C, Schob H, Stadler M, Meins F Jr, Si-Ammour A, Plant Cell. 19:2417-2429(2007)., "MicroRNA-mediated regulation of stomatal development in Arabidopsis"
