ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
source: PMRD, original name: cre-miR913
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGCACACTTGCGAGTCCGTGG miRNA* ACGGACTCGCAGGTGTGCAAG mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTATCTGTGTCGCTCATGCAAGGGACAGCCAACGAATTCCCTCGCCACGTTTTGGGGGCTTGCACACTTGCGAGTCCGTGGCCGTGTTTCCAAGGATGTA
TACAAGCGAAGTCGAGACTTTGGTATTACATACTCCCACTTCGCTTTTATACATTCTTGGAGACACGGCCACGGACTCGCAGGTGTGCAAGCCCCCGAAA
CGTCGCCAGGGAATTCTTTGGCTGTCCCTTGCATGAGCGACACAGATAC
dot-bracket secondary structure
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references
[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
[2] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
GTATCTGTGTCGCTCATGCAAGGGACAGCCAACGAATTCCCTCGCCACGTTTTGGGGGCTTGCACACTTGCGAGTCCGTGGCCGTGTTTCCAAGGATGTA
TACAAGCGAAGTCGAGACTTTGGTATTACATACTCCCACTTCGCTTTTATACATTCTTGGAGACACGGCCACGGACTCGCAGGTGTGCAAGCCCCCGAAA
CGTCGCCAGGGAATTCTTTGGCTGTCCCTTGCATGAGCGACACAGATAC
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SIMILARITIES| miRBase cre-MIR913: 2e-140 PMRD cre-miR913: 2e-140 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
[2] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
