ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
source: PMRD, original name: cre-miR916
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CCAAGGTCATCGGTTCGATCC miRNA* ATCGAACCGATGACCTTGGCG mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
ACGGAAACGGTTGTACGGGGCGCCGTACGGTGGTTGTGGGAGAGGGGGGGGCTGGTGGATATGACGTGGGCCTGTTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGGTG
CTAATAACGCCAAGGTCATCGGTTCGATCCCGATACGGGCCAGCGGAAGCCTTTTGGGCCACGCGCCCACGCTGCAATACGCGCACGAGAGGCCTTAAGG
ATGTAAGGCCTATATGCCTGGTCGGACGGGCGGTCAGACGACATTTGGGGGTTCGGGGGCGCTCGGGGCTATGTATGTTGTGGTGGGAGTCCTGTCATGG
TATTGGGGATGGAAAGGCACACAGACGGGAAACATGCAAAGCTGTGGAGGGTATGGATAAGCCGCTGCATGAACCACATAACTGTGGAGGGCAGCCGCTG
CAAGTACTGCATTTTGCTTGTGCAGGTAACTGCACTACCAGCCGTGACTACCAGCCCGCAGATAGCCATGTGCAAGCAGTATGCTAGCAGATGCATTGTT
CTGTGCTGTTCATTGCCGTGCCAACCACAATCAAAAGGAGTGGCCTTCCCATGCCCTTCTGGCATGCAACTGGCCCACCAAGAACAAGGGAAAACAACAA
CGGCTGTGATCCACAACGCCACCATACTGCTTTCTGCTAAGAGGCCACCCCACTCCCACCACAACGTACACAACCTCGAGCGGCCCCGACCCTCCAAATA
ATGTTTGGCCGTCCGTCCTACCAGGCAAATACCTTTTGGGCCTTGCCCGCGCACGTTACAGCGTCAGTCTGTGGCCCAAAAGGCTTCCGCTGGCCCGTAT
CGGGATCGAACCGATGACCTTGGCGTTATTAGCACCACGCTCTAACCAACTGAGCTAACAGGCCCACATCATATCCCTCAGCCCCCCCCTCTCCCACAAC
CAGCGTACGGCGCTCCGTACAACCATTTCCGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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references
[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
ACGGAAACGGTTGTACGGGGCGCCGTACGGTGGTTGTGGGAGAGGGGGGGGCTGGTGGATATGACGTGGGCCTGTTAGCTCAGTTGGTTAGAGCGTGGTG
CTAATAACGCCAAGGTCATCGGTTCGATCCCGATACGGGCCAGCGGAAGCCTTTTGGGCCACGCGCCCACGCTGCAATACGCGCACGAGAGGCCTTAAGG
ATGTAAGGCCTATATGCCTGGTCGGACGGGCGGTCAGACGACATTTGGGGGTTCGGGGGCGCTCGGGGCTATGTATGTTGTGGTGGGAGTCCTGTCATGG
TATTGGGGATGGAAAGGCACACAGACGGGAAACATGCAAAGCTGTGGAGGGTATGGATAAGCCGCTGCATGAACCACATAACTGTGGAGGGCAGCCGCTG
CAAGTACTGCATTTTGCTTGTGCAGGTAACTGCACTACCAGCCGTGACTACCAGCCCGCAGATAGCCATGTGCAAGCAGTATGCTAGCAGATGCATTGTT
CTGTGCTGTTCATTGCCGTGCCAACCACAATCAAAAGGAGTGGCCTTCCCATGCCCTTCTGGCATGCAACTGGCCCACCAAGAACAAGGGAAAACAACAA
CGGCTGTGATCCACAACGCCACCATACTGCTTTCTGCTAAGAGGCCACCCCACTCCCACCACAACGTACACAACCTCGAGCGGCCCCGACCCTCCAAATA
ATGTTTGGCCGTCCGTCCTACCAGGCAAATACCTTTTGGGCCTTGCCCGCGCACGTTACAGCGTCAGTCTGTGGCCCAAAAGGCTTCCGCTGGCCCGTAT
CGGGATCGAACCGATGACCTTGGCGTTATTAGCACCACGCTCTAACCAACTGAGCTAACAGGCCCACATCATATCCCTCAGCCCCCCCCTCTCCCACAAC
CAGCGTACGGCGCTCCGTACAACCATTTCCGT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM tRNA: 3e-28 |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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references
[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
