ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
miRNA family: MIR918
source: PMRD, original name: cre-miR918
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TACCTGAAGCGGACATCTTGC miRNA* AAGACGTCCACTCCGGGTACG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
CCAATACGAGACGTCTGCACCGCACATGTCTCAGGAAGAGATCGTCCGTAGTAGCAAGCTGCTGGAGGGTATCTCGGTCAGCATCTCGATTGGCAAGACG
TCCACTCCGGGTACGCGCCGCTCATGCGATGACGCCTTCATCGCGTGAGCGGCGTGTACCTGAAGCGGACATCTTGCCAAACGAAATGCTGACCGAGATA
CCCTGAAGTAGCTTGCTAATAGTGGCGATGTCCTCCTGAGACATGTGCGGCGCAGACGTCCCGCATTGG
dot-bracket secondary structure
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[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
CCAATACGAGACGTCTGCACCGCACATGTCTCAGGAAGAGATCGTCCGTAGTAGCAAGCTGCTGGAGGGTATCTCGGTCAGCATCTCGATTGGCAAGACG
TCCACTCCGGGTACGCGCCGCTCATGCGATGACGCCTTCATCGCGTGAGCGGCGTGTACCTGAAGCGGACATCTTGCCAAACGAAATGCTGACCGAGATA
CCCTGAAGTAGCTTGCTAATAGTGGCGATGTCCTCCTGAGACATGTGCGGCGCAGACGTCCCGCATTGG
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SIMILARITIES| miRBase cre-MIR918: 2e-152 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: cre-MIR919 from miRBase (MNEST039321) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
