ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
source: PMRD, original name: cre-miR1158
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA ACTTGGAGGAGGCCACTGGC miRNA* CAGTAGCCTCCTCCACGTCT mismatches: 2 bulges: 0 |
pre-miRNA
GGCGTGCGCAGCGGCGGCCGCCGCGGCTGAGGAAGCCATGATCGAGGCAGCGCAGGCCACATTGTAGGCCTGCCGCGCGGCTGTGTCACCTCTGACCAGG
TGCGACGGGAAGCCGGGCTGCTGGGGCTGCTGCTGACCGCCAGTAGCCTCCTCCACGTCTTGTGCTAGCTCCGCAAGCACCGCGTCCTCTATGTCCGTCA
TGTCGGACTCGGCGTCGGAGCCAGGGCCCTCGGCTCGAGCATCAGTCGTCCGCGCTGCTGCTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNCGACATGACGGATATTGAGGACGCGGTGCTTGCGGAGCTAGCAGAGGACTTGGAGGAGGCCACTGGCGGTCAGCAGCAGCCCCAG
CAGCCCAGCTTCCCGTCGCACCTGGTCAGCGGTGCGACAGCCGCGCGGCAAGCATACAACGTGGCCTGCGCTGCCTCCATCATGGCTTCCTCAGCCGCGG
CGGCCGCCGGCTTCGAGAGCC
dot-bracket secondary structure
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[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
GGCGTGCGCAGCGGCGGCCGCCGCGGCTGAGGAAGCCATGATCGAGGCAGCGCAGGCCACATTGTAGGCCTGCCGCGCGGCTGTGTCACCTCTGACCAGG
TGCGACGGGAAGCCGGGCTGCTGGGGCTGCTGCTGACCGCCAGTAGCCTCCTCCACGTCTTGTGCTAGCTCCGCAAGCACCGCGTCCTCTATGTCCGTCA
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NNNNNNNNNNNNNNNCGACATGACGGATATTGAGGACGCGGTGCTTGCGGAGCTAGCAGAGGACTTGGAGGAGGCCACTGGCGGTCAGCAGCAGCCCCAG
CAGCCCAGCTTCCCGTCGCACCTGGTCAGCGGTGCGACAGCCGCGCGGCAAGCATACAACGTGGCCTGCGCTGCCTCCATCATGGCTTCCTCAGCCGCGG
CGGCCGCCGGCTTCGAGAGCC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase cre-MIR1158: 4e-149 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
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references
[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
