ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
source: PMRD, original name: cre-miR1164
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGGTGCAACAGGCCAGTGGTT miRNA* CCACTGGCCTGTTGCACCAGC mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
GGTGCTCTTCTGGTGCAACAGGCCAGTGGTTTGAGTGGTGGTCGACGGCAATTGCTTCAGTCTTACTTGCTTGGCTTACGTACGTACGCCTCAAGCAAGT
AAGACTGAAGCAATTGCTGCCGACCACCGATCAAACCACTGGCCTGTTGCACCAGCAGAGCACT
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
GGTGCTCTTCTGGTGCAACAGGCCAGTGGTTTGAGTGGTGGTCGACGGCAATTGCTTCAGTCTTACTTGCTTGGCTTACGTACGTACGCCTCAAGCAAGT
AAGACTGAAGCAATTGCTGCCGACCACCGATCAAACCACTGGCCTGTTGCACCAGCAGAGCACT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase cre-MIR1164: 6e-90 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: cre-MIR1164 from miRBase (MNEST039360) |
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non-miRNEST targets: none
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[1] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
