ABOUT THIS RECORDspecies: Lactuca sativa
source: PMRD, original name: lsa-miR156
Taxonomy by NCBI:
Lactuca sativa Lactuca Lactucinae Cichorieae Cichorioideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGACAGAAGAGAGAGAGCAC miRNA* GGAGGAGACAGTTCCATAGCGAGTGGATAGCAGAGATGGCTTTCTTCTACGTTCATTGTGCCCA mismatches: 6 bulges: 1 |
pre-miRNA
TGACAGAAGAGAGAGAGCACAGTTGGAGTCCTCACGGACTCCATTAAAACACCCTCCTGGTGGAACATAAGGAGGTGGATTATCCAGGTTGCTTTGCCAT
GGAAGCGGTGGGAACTTTTCTCCGGCAATTGGGAGGTCGATGGCGGCTCGAGGCGGTGGTGCCGCCCTTGTTCCTGGCCACTGAATCCTTCCTCTTGAGC
ATGACGAAAAGTCCATTAGAAAGCCTCCAGAATTCCCATTGTTTTCAAAGATTGAGGAGGAGACAGTTCCATAGCGAGTGGATAGCAGAGATGGCTTTCT
TCTACGTTCATTGTGCCCAGCCAATCGTCTCCTGCAGCTTCTTTTTCCCTGGTCA
dot-bracket secondary structure
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HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase far-MIR156b: 0.0000003 PMRD lsa-miR157: 0 microPC miR157: 0.0003 | UniProt sp|A3C057|SPL17_ORYSJ: 0.00000000000006 RFAM no hits |
Identical with: lsa-miR157 from PMRD (MNEST048684) |
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