ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
source: PMRD, original name: pta-miR163b
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGAAGAAGACTTGGAGCTTCGA miRNA* GAATGTTTTAAAATTCATCA mismatches: 6 bulges: 2 |
pre-miRNA
TGAAGAAGACTTGGAGCTTCGACTTGGACTGGCAGTTACAGGAAGGACATCAGCAGAGCACAATCCCCGTCGCAGGCATGGTAGAGTTCCTCCAAATAAG
CCAATTGTTCTTTGTGATGATGCTGGAGAAGCTGATCAAAGTTCTTCCAAGAAGAGGAGGACTGGACAGCAATTAAGCAGTGATGTTCAATCTGATGAAT
CAAAGGAAGTTAAGCTCACATGTGCAATTTGTATATCCACGATGGAGGAGGAGACATCAACTATATGTGGGCACATCTTCTGTAAAAAATGCATTACAAA
TGCTATACATCGATGGAAGAGATGCCCAACTTGCAGGAAAAAACTTGCAATCAACAACATCCACCGTATCTATATTTCTAGCAGCACTGGTTAGCTATTC
ATCGTTGTACTTGTTGCCAAATTCTGCTAGTTCGTAGGAGAAGCTATGTGATTGTACTTCCTTATGTGTGACATAAGAGAATGTCAAAAGAGACATTTCT
CGCACTTGTTCTTTATCTGCACGTTAAAATGTTTTTAGAAACATCTGCCAAAGCACTGACGATGATATTTACAACTTGAATGATGACGAAGGCTATTGGA
ACAGCCATTGGGATCTATTTACATGATGTTGAATGTTTTAAAATTCATCA
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD pta-miR163a: 6e-47 microPC no hits | UniProt sp|Q54S31|PEX10_DICDI: 0.00000004 RFAM no hits |
Identical with: pta-miR163a from PMRD (MNEST051556) |
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