ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
miRNA family: MIR946
source: PMRD, original name: pta-miR946b
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CAGCCCTTCTCCTATCCACAA miRNA* GTGGATATGGAAGGGTTAGT mismatches: 4 bulges: 1 |
pre-miRNA
CAGAGTGTATGGATGTGGATATGGAAGGGTTAGTAAACAGTACAAAACCCATTTAATAGAGATTCCATCGGAGCATCATTGTTGGCTGTTAGATCAAGCA
ACTGTATTTTGATGGCCACACTCATTGAATGGGTTGCTTGTTTTGCTTTTAACCAGCCCTTTTTCTATCCAACTGCCTGTATTTTGATGGCCATGCTCAT
TAAATGGGTTACCTGTTAGCTATTCACCAGCCCTTCTCCTATCCACAACTGTACTAGTTTG
dot-bracket secondary structure
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[1] Lu S, Sun YH, Amerson H, Chiang VL, Plant J. 51:1077-1098(2007)., "MicroRNAs in loblolly pine (Pinus taeda L.) and their association with fusiform rust gall development"
CAGAGTGTATGGATGTGGATATGGAAGGGTTAGTAAACAGTACAAAACCCATTTAATAGAGATTCCATCGGAGCATCATTGTTGGCTGTTAGATCAAGCA
ACTGTATTTTGATGGCCACACTCATTGAATGGGTTGCTTGTTTTGCTTTTAACCAGCCCTTTTTCTATCCAACTGCCTGTATTTTGATGGCCATGCTCAT
TAAATGGGTTACCTGTTAGCTATTCACCAGCCCTTCTCCTATCCACAACTGTACTAGTTTG
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase pta-MIR946b: 1e-147 PMRD pta-miR946a: 1e-18 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: pta-MIR946b from miRBase (MNEST039435) |
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Lu S, Sun YH, Amerson H, Chiang VL, Plant J. 51:1077-1098(2007)., "MicroRNAs in loblolly pine (Pinus taeda L.) and their association with fusiform rust gall development"
