ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
miRNA family: MIR952
source: PMRD, original name: pta-miR952a
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AACAGAGCATGCCGTTGGTT miRNA* CCAATGACACGCTCAGTTCA mismatches: 4 bulges: 0 |
pre-miRNA
GAACCAGTAGCGTATTGAACAGAGCATGCCGTTGGTTGAGTAAGTACGTCAAGGGACGAAACAGAATTAATTTTCATTAACATTTTATTAACCTTCAACT
CTGCCTTGGCCTAGGGCAGTTCCTGAAGGTCACATTGACTGGGGCGTGATACAACGCGTAGTCCGCTGGTTGCTGCGACCATTGGGACTCCCCCAGCCTA
TTCTCAGCTGCAACATTCGCAAGTTATTTACAGTGTTGCAGCCGAGAATAAAATGGGAAGAGTCAAAAGCGTGGCAACAACCAGCCAATTACGCTTTGTA
TCAGCGCCCCAACTGGTGTGAGCTTCGGGAATTGCCATATGCCAAGCCAGATTTGCATGCTAATAAAACATTATTCGAAATTAATTGCGTTTTGTTGGTT
GACAGACTTCCTCCACCAATGACACGCTCAGTTCAATTTGCTGATGGTTC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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references
[1] Lu S, Sun YH, Amerson H, Chiang VL, Plant J. 51:1077-1098(2007)., "MicroRNAs in loblolly pine (Pinus taeda L.) and their association with fusiform rust gall development"
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CTGCCTTGGCCTAGGGCAGTTCCTGAAGGTCACATTGACTGGGGCGTGATACAACGCGTAGTCCGCTGGTTGCTGCGACCATTGGGACTCCCCCAGCCTA
TTCTCAGCTGCAACATTCGCAAGTTATTTACAGTGTTGCAGCCGAGAATAAAATGGGAAGAGTCAAAAGCGTGGCAACAACCAGCCAATTACGCTTTGTA
TCAGCGCCCCAACTGGTGTGAGCTTCGGGAATTGCCATATGCCAAGCCAGATTTGCATGCTAATAAAACATTATTCGAAATTAATTGCGTTTTGTTGGTT
GACAGACTTCCTCCACCAATGACACGCTCAGTTCAATTTGCTGATGGTTC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD pta-miR952b: 2e-52 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: pta-MIR952a from miRBase (MNEST039442) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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references
[1] Lu S, Sun YH, Amerson H, Chiang VL, Plant J. 51:1077-1098(2007)., "MicroRNAs in loblolly pine (Pinus taeda L.) and their association with fusiform rust gall development"
