ABOUT THIS RECORDspecies: Pinus taeda
source: PMRD, original name: pta-miR1309
Taxonomy by NCBI:
Pinus taeda Pinus Pinus Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGATGGCCCTTTTGAAGGACA miRNA* TCGTTTGAGTGGGGTTTCATTTTA mismatches: 4 bulges: 3 |
pre-miRNA
TCCAGTTGGACAGAGCTACAGTTGGATCAGATTTGATGGCCCTTTTGAAGGACAAAAAGCCTCCACTTCCGTATGTTTATCACCCACCCCAGCGTCCATC
GATTATGTGATTTGGTCAGCTTCCTCTACGGGCTTTCGTTCAGAGCAAATTCAAGATGAAGAGAACTCCTGTGAAACCGGGATTCATGTACATTGATGAA
CTCCTGTGAAACCTGGGTTTATCATGATAGCATGAAAACTTAGGGAGGATTGAACTATGCAGTGTCGTTTGAGTGGGGTTTCATTTTATCTTGTATAAAA
AAAGAAATGCCTTCTGGAGC
dot-bracket secondary structure
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[1] Morin RD, Aksay G, Dolgosheina E, Ebhardt HA, Magrini V, Mardis ER, Sahinalp SC, Unrau PJ, Genome Res. 18:571-584(2008)., "Comparative analysis of the small RNA transcriptomes of Pinus contorta and Oryza sativa"
TCCAGTTGGACAGAGCTACAGTTGGATCAGATTTGATGGCCCTTTTGAAGGACAAAAAGCCTCCACTTCCGTATGTTTATCACCCACCCCAGCGTCCATC
GATTATGTGATTTGGTCAGCTTCCTCTACGGGCTTTCGTTCAGAGCAAATTCAAGATGAAGAGAACTCCTGTGAAACCGGGATTCATGTACATTGATGAA
CTCCTGTGAAACCTGGGTTTATCATGATAGCATGAAAACTTAGGGAGGATTGAACTATGCAGTGTCGTTTGAGTGGGGTTTCATTTTATCTTGTATAAAA
AAAGAAATGCCTTCTGGAGC
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SIMILARITIES| miRBase pta-MIR1309: 3e-170 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Morin RD, Aksay G, Dolgosheina E, Ebhardt HA, Magrini V, Mardis ER, Sahinalp SC, Unrau PJ, Genome Res. 18:571-584(2008)., "Comparative analysis of the small RNA transcriptomes of Pinus contorta and Oryza sativa"
