ABOUT THIS RECORDspecies: Populus trichocarpa
source: PMRD, original name: ptc-miRf10968-akr
Taxonomy by NCBI:
Populus trichocarpa Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AACAGCTCTCTGACCCTCGT miRNA* GAGGGTCAGAGAGCTGTTAC mismatches: 0 bulges: 0 |
pre-miRNA
ACTGTAGTAACAGCTCTCTGACCCTCGTGTATTAAAAAATTATCTTAAAAATGATAATATGATGTCTTTTAATATATTAGGTGAATTTTTTAATACACGA
GGGTCAGAGAGCTGTTACTACAGT
dot-bracket secondary structure
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((.((((......)))).)))......)))))..)))))))))))))))))
))))))))))))))))))))))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
ACTGTAGTAACAGCTCTCTGACCCTCGTGTATTAAAAAATTATCTTAAAAATGATAATATGATGTCTTTTAATATATTAGGTGAATTTTTTAATACACGA
GGGTCAGAGAGCTGTTACTACAGT
dot-bracket secondary structure
(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((((.((((......)))).)))......)))))..)))))))))))))))))
))))))))))))))))))))))))
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ptc-miRf11876-akr: 3e-66 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
Identical with: ptc-miRf11876-akr from PMRD (MNEST053698) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
