ABOUT THIS RECORDspecies: Populus trichocarpa
source: PMRD, original name: ptc-miRf12523-akr
Taxonomy by NCBI:
Populus trichocarpa Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GTTTCTCGGAATTCACTTTCCGGGAA miRNA* TCCGGAAGTTGTGAAAAATTTAGAAATATCATATTATTTACTGATTATATCAA mismatches: 6 bulges: 27 |
pre-miRNA
GGCTATGTTTGTTTCTCGGAATTCACTTTCCGGGAAATCATTTTCCAAACTTTCCTGTGTTTGTTTGACATTTGAAAAGTTGGTCAACGGAAAACACTTT
CCAGTCAAAGGAAAATTTGGCTTGATTTCCAGGAAAGTGTTTTCCTGGAAAATTTGGGTGGAAAACAATTTCCGGAAGTTGTGAAAAATTTAGAAATATC
ATATTATTTACTGATTATATCAAATTTGGTC
dot-bracket secondary structure
(((((.(((((....((((..(((((((((((((((....(((((((..((((((.........(((((..((....))...))))).((((((((((((
(((((((((......))))))).........)))))))))))))).)))))....)..)))))))...))))))))))..)))))........(((((..
....))))).))))......))))).)))))
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
GGCTATGTTTGTTTCTCGGAATTCACTTTCCGGGAAATCATTTTCCAAACTTTCCTGTGTTTGTTTGACATTTGAAAAGTTGGTCAACGGAAAACACTTT
CCAGTCAAAGGAAAATTTGGCTTGATTTCCAGGAAAGTGTTTTCCTGGAAAATTTGGGTGGAAAACAATTTCCGGAAGTTGTGAAAAATTTAGAAATATC
ATATTATTTACTGATTATATCAAATTTGGTC
dot-bracket secondary structure
(((((.(((((....((((..(((((((((((((((....(((((((..((((((.........(((((..((....))...))))).((((((((((((
(((((((((......))))))).........)))))))))))))).)))))....)..)))))))...))))))))))..)))))........(((((..
....))))).))))......))))).)))))
SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD ptc-miRf10767-akr: 2e-56 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets
HuntMi prediction: true miRNA
download this record
