ABOUT THIS RECORDspecies: Phaseolus vulgaris
miRNA family: MIR319
source: PMRD, original name: pvu-miR319c
Taxonomy by NCBI:
Phaseolus vulgaris Phaseolus Phaseoleae Papilionoideae Fabaceae Fabales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGACTGAAGGGAGCTCCTT miRNA* GGAGCTTCCCTCAGCCCATTC mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATTTTTTCCATGGTCACTCTCATTACAACCTGCTAGTCCTTTTTCGTCTTTACGGTTTTCCTTTCTTTATAACTCTGCTTGCTACTCTTGCATCTCTTCA
GCGCAGGAATCGATAAAAACATGCCAGAATTAGGGTTTCTGGTAGCCATGCTTTTCAGTTTTAGCTCTAAGGAAGAAGGGAAAAGGATGTACATGTGCAG
AGTTCGACTACAGCTTTAGTCACATTGGGAAGGAAAGAGAGTGAAGGAGCTTCCCTCAGCCCATTCATGGATACAAAAGATTGGGTTGCAAAATTAACCA
CTAACTCATTCACACAATAGTATTCAGTTAGGGTGATGCTCTTTTTGCTATAATATGATTGTGTGAATGAAGTGATGCATACATATTGTGTGACCCTCTT
TCTCTGAGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCTTCTTTCTGTTGCCTCCATTTGTATTCATCTCTCAGATGGCCATGTCTAAGCTTAATCTATATATGCTTAGC
ACAAAAAAGGTGAGGCCATTACACTGTAGCTGATGTTACATATCGTCTTCTAGCTCTTTGTAAGTATCCACTCTCTGCCACAACTGCACAAGATTCAGCA
AAAACATCTGAACAGTTGCATATGAACAGTTACATACATGCAGTAATTTGTTTAGCTTAGTCTTTTAAATGATCACTACATATCTATAAATGAATTTATG
TAATTACTTTCTACACAAAGCTCTATGTCACTTC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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references
[1] Arenas-Huertero C, Perez B, Rabanal F, Blanco-Melo D, De la Rosa C, Estrada-Navarrete G, Sanchez F, Covarrubias AA, Reyes JL, Plant Mol Biol. 70:385-401(2009)., "Conserved and novel miRNAs in the legume Phaseolus vulgaris in response to stress"
ATTTTTTCCATGGTCACTCTCATTACAACCTGCTAGTCCTTTTTCGTCTTTACGGTTTTCCTTTCTTTATAACTCTGCTTGCTACTCTTGCATCTCTTCA
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TAATTACTTTCTACACAAAGCTCTATGTCACTTC
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD gma-miR319c: 5e-17 microPC miR319: 5e-103 | UniProt no hits RFAM MIR159: 0.00000000001 |
Identical with: miR319 from microPC (MNEST046580) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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references
[1] Arenas-Huertero C, Perez B, Rabanal F, Blanco-Melo D, De la Rosa C, Estrada-Navarrete G, Sanchez F, Covarrubias AA, Reyes JL, Plant Mol Biol. 70:385-401(2009)., "Conserved and novel miRNAs in the legume Phaseolus vulgaris in response to stress"
