ABOUT THIS RECORDspecies: Sorghum bicolor
miRNA family: MIR821
source: PMRD, original name: sbi-miR821b
Taxonomy by NCBI:
Sorghum bicolor Sorghum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AAGTTATGAACATAAAAGTTG miRNA* ACTTTGTTGTTGATAACTTTT mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
TAAATGATTTCAGATGAAAAAGTTATGAACATAAAAGTTGTAGAACTGATTAAGATCTACACCTTTTATTTTGGTCATTTGTTCATCCAATGAAATGATA
GTAACATTGTTCACAAAATTTATATATCTCACTCTTATAGTTTATAAAACCATATGAGAGAGATGTAAAATTTATGAACAATGTTAGTATCACTCTATCG
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[1] Paterson AH, Bowers JE, Bruggmann R, Dubchak I, Grimwood J, Gundlach H, Haberer G, Hellsten U, Mitros T, Poliakov A, Schmutz J, Spannagl M, Tang H, Wang X, Wicker T, Bharti AK, Chapman J, Feltus FA, Gowik U, Grigoriev IV, Lyons E, Maher CA, Martis M, Nare, Nature. 457:551-556(2009)., "The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses"
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SIMILARITIES| miRBase sbi-MIR821b: 9e-155 PMRD sbi-miR821d: 7e-57 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR821: 5e-89 |
Identical with: sbi-MIR821b from miRBase (MNEST042626) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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references
[1] Paterson AH, Bowers JE, Bruggmann R, Dubchak I, Grimwood J, Gundlach H, Haberer G, Hellsten U, Mitros T, Poliakov A, Schmutz J, Spannagl M, Tang H, Wang X, Wicker T, Bharti AK, Chapman J, Feltus FA, Gowik U, Grigoriev IV, Lyons E, Maher CA, Martis M, Nare, Nature. 457:551-556(2009)., "The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses"
