ABOUT THIS RECORDspecies: Sorghum bicolor
miRNA family: MIR821
source: PMRD, original name: sbi-miR821c
Taxonomy by NCBI:
Sorghum bicolor Sorghum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AAGTCATCAACATAAAAGTTG miRNA* ACTTGTATATTCATGACTTTA mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
TAAATGATTTTAGCTAAAAAAGTCATCAACATAAAAGTTGTAGAACTGGTCAAGATCTCTAATTTTTATTTTAGTCATTTTTTCATATGACAAAGTAATA
GTAACATTGGTCATAAATTTTACATATCTCTGATATAGTTTCATAAACTATATGAGAGATATGTAAAATTTATGAACAATGTTACTATTACTTTGCCGGA
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[1] Paterson AH, Bowers JE, Bruggmann R, Dubchak I, Grimwood J, Gundlach H, Haberer G, Hellsten U, Mitros T, Poliakov A, Schmutz J, Spannagl M, Tang H, Wang X, Wicker T, Bharti AK, Chapman J, Feltus FA, Gowik U, Grigoriev IV, Lyons E, Maher CA, Martis M, Nare, Nature. 457:551-556(2009)., "The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses"
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SIMILARITIES| miRBase sbi-MIR821c: 3e-124 PMRD sbi-miR821a: 8e-103 microPC no hits | UniProt no hits RFAM MIR821: 4e-117 |
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non-miRNEST targets: none
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[1] Paterson AH, Bowers JE, Bruggmann R, Dubchak I, Grimwood J, Gundlach H, Haberer G, Hellsten U, Mitros T, Poliakov A, Schmutz J, Spannagl M, Tang H, Wang X, Wicker T, Bharti AK, Chapman J, Feltus FA, Gowik U, Grigoriev IV, Lyons E, Maher CA, Martis M, Nare, Nature. 457:551-556(2009)., "The Sorghum bicolor genome and the diversification of grasses"
