ABOUT THIS RECORDspecies: Saccharum officinarum
source: PMRD, original name: sof-miR156g
Taxonomy by NCBI:
Saccharum officinarum Saccharum officinarum complex Saccharum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TGACAGAAGAGAGAGAGCAC miRNA* ACTCAGAGTCGAGCACGGGGGTGAGCCCGTCGGAGAACATCTTGTTGCTGCTGCTGCTCTCGGG mismatches: 8 bulges: 342 |
pre-miRNA
TGACAGAAGAGAGAGAGCACACTCAGAGTCGAGCACGGGGGTGAGCCCGTCGGAGAACATCTTGTTGCTGCTGCTGCTCTCGGGCGGCAGCAGGGCCACG
GCGGCGGTGGTCTTGAGGAGGGGCTGGCACACCGTGGAGACCTCCAGCGTCCCGGCTCCTGCGCTGAAGCTGATTTGGTCGCCATCCTGGAGGAACGGGA
AGCGCCGGCCTTCCTTGGAGTAGGCCGACGACGTGGAGCCACCGGCGAAGTGCGGCCTGTTGCTGAGGACCGCGTGGGGTGTGTAGTATGAAGTGTCCTC
GGATTTGATGACTCCAGACCAGCTTGGCTCCGGTCTTGGAGCCGGGAACGACGAGAACCTTGTCCCTTGTTGACTTGTCATAAAGCTCCCAGAGTTCATG
GTA
dot-bracket secondary structure
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HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase mtr-MIR156: 0.00008 PMRD hvv-miR156c: 7e-21 microPC miR157: 0.0003 | UniProt sp|Q0J0K1|SPL18_ORYSJ: 4e-37 RFAM no hits |
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