ABOUT THIS RECORDspecies: Saccharum officinarum
source: PMRD, original name: sof-miR171a
Taxonomy by NCBI:
Saccharum officinarum Saccharum officinarum complex Saccharum Andropogoneae Panicoideae PACCAD clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAATTGAGCCGCGCCAATATC miRNA* GCAGCGGCGTCCCGG mismatches: 16 bulges: 0 |
pre-miRNA
AACACACAATGCGGTTCCCTTAAATTGTCCCCCGGGGAAAGCGTTGCGCAAGTTCTTGAATAAACGACGCCCATTGGTGGCCCATCCCAATGTGAAGTCG
AGCACGGGATTCCGGCTGGCGCCCGAAGTTGGTCCAGCACCGCTTGCACGCAGGTGAGGTGCGCGAACTGGAGCACGGGGGAGACCTCGTAGAAGGCCTT
GTACGCCCCGAGCTTGAGGACCACGTCGTATGGCGTGGAAACCGGGGGCGCCAGGGCCTCGCCGGTTGGGGAGAGCGCAACGCGCAAGGCCTCCTTGAAG
TAGAAGGCTGAGCGGAGCAGCGGCGTCCCGGCCGTGGGAGCGGCGGGGAACCAATAATTGAGCCGCGCCAATATC
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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TAGAAGGCTGAGCGGAGCAGCGGCGTCCCGGCCGTGGGAGCGGCGGGGAACCAATAATTGAGCCGCGCCAATATC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase no hits PMRD no hits microPC no hits | UniProt sp|O81316|SCL6_ARATH: 0.0000000000004 RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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