ABOUT THIS RECORDspecies: Triticum aestivum
miRNA family: MIR1122
source: PMRD, original name: tae-miR1122
Taxonomy by NCBI:
Triticum aestivum Triticum Triticeae Pooideae BEP clade Poaceae Poales commelinids Liliopsida Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TAGATACATCCGTATCTAGA miRNA* TAAATACGTATGTATCAAGT mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATAAGTACTCCCTCTGTTCCTAAATACTCCCTCCGTCCCAAAAATTTTGGCTTAGATTTGTCTAAATACGTATGTATCAAGTCATGTTTTAGTATTAGAT
ACATCCGTATCTAGACTAATCTAAGACAAGAATTTTGGGACGGAGGGAGTATAAGTCTTTTTAGAGATTCCACTACAAACTACATACGGATGTATATAGA
CATATTTTAGAGTGTAGATTCACTCATTTTACTTCGTATGTAGTCCATAGTGGAATCTCTAAGAAGGCATATATTTAGGAACAGAGGGTGTACCA
dot-bracket secondary structure
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HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
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SIMILARITIES| miRBase tae-MIR1122: 7e-168 PMRD hpi-miR1122: 1e-39 microPC miR1436: 1e-33 | UniProt no hits RFAM MIR1122: 3e-47 |
Identical with: miR1122 from microPC (MNEST045109) |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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[1] Yao Y, Guo G, Ni Z, Sunkar R, Du J, Zhu JK, Sun Q, Genome Biol. 8:R96(2007)., "Cloning and characterization of microRNAs from wheat (Triticum aestivum L.)"
