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ABOUT THIS RECORD
ID:
MNEST055412
species:
Arabidopsis thaliana
miRNA family:
MIRf20
source:
miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Arabidopsis thaliana
Arabidopsis
Brassicaceae
Brassicales
malvids
rosids
core eudicotyledons
eudicotyledons
Magnoliophyta
Spermatophyta
Euphyllophyta
Tracheophyta
Embryophyta
Streptophytina
Streptophyta
Viridiplantae
Eukaryota
cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TGAGAAGACTCTGAAGGTGTG
miRNA*
TATCTTCAAGCTTATCATA
mismatches:
3
bulges:
2
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pre-miRNA
GAGTGCGGATT
TGAGAAGACTCTGAAGGTGTG
ATCAAGTGCTTGGTCTAGTGATTTGATGGGTGGTGAGTGATGATACTCGACAAGGGGGTCGAGTAATG
TGGTAGAGTGAATGGTCAAGTGGTTGTCAAGTGGTGTGACAAAGTGTTGCTTGCCGATGCGGTCGAGTGGTGTCATCGAGTAACCTGGAGTGTGGTTACT
CGACCATGGGGTCGAGTGATTGGCAAGAACGGCTCCAAAGTTACTCGACCAAGGGGTCGAGTGTGGTGCTGGATGTACTCGACCTGGGGGTCGAGTATGT
GGCTTCTGGTTTCGGCTTTCTTCTTCCAATTTGCTCGCCAATAGCTCCAAATCACCTTAGTTGCAACAAGACCGCTAATATGAGCCATATCACACATCAA
AACAGCTCCACACTTATCTGCAATCTGTCTAACCCTTGCAAAATCCCAATCCCTAGGATAAGAACTCCCACCACAAATAAGAATCTTAGGACGGTAATCA
AGCGCCT
TATCTTCAAGCTTATCATA
ATCAATAT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase
no hits
PMRD
ath-miRf10356-akr
:
4e-106
microPC
no hits
UniProt
sp|Q54Z26|GLYC1_DICDI: 1e-16
RFAM
no hits
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction:
true miRNA
Source sequences
degradome data
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