ABOUT THIS RECORDspecies: Actinidia deliciosa
miRNA family: MIR172
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Actinidia deliciosa Actinidia Actinidiaceae Ericales asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GGAATCCTGATGATGCTGCAG miRNA* GCAGCTTTATCATAAGCCCC mismatches: 5 bulges: 1 |
pre-miRNA
GGTTATGATCTTCTGCTGTGGGAATCCTGATGATGCTGCAGCACTTGCAAACACTTGGCCGGGAGGAGGATTAACGATATTGAGTTGCCAATTTTGATGC
TCACTTGTAGAGAGTGACAGCTTTCCCCCATTAACATTAGTACTGCTGCTTGGACACTGAACCTTGGGCTGAAATTCGCGGTTACGCCAATCAGTTACTT
CAATAGGCATAGAAGTATGGCGCTGATCATCTGCAATGTCGTGGCTCTTCTGTTTCGAGGCTGAGCTGCCCAAGCTCAAATCCAAATTATGGTCTGATGG
CTTGCCTGAACATTCAGTGGAATTGAGTTCATCTTCATAGATGCTGGGATCAAAGTTGGTCACAGCTTCCTTGCCATTACACTTGATTGCAGCTTTATCA
TAAGCCCCTGGCAGCTTCAAT
dot-bracket secondary structure
.....(((....((((((.(((.....((((((.(((((((......(((.....((((.((((((....((((.....))))((.((((((((((((.(
(((.(((((((((((..((((((...........((.((((...))))..)).............))))))..))))..((((((((((......(((((
(..........))))))))))).))))).)))))))((..(((((((.(((......)))..))))))).)).((((((.((((....(((.((....((
....)).)).)))....)))).)))))).(((((....))))).)))))))))))))))).))..)))))).))))......))).))))))).))))))
....))).))))))..)))..
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
GGTTATGATCTTCTGCTGTGGGAATCCTGATGATGCTGCAGCACTTGCAAACACTTGGCCGGGAGGAGGATTAACGATATTGAGTTGCCAATTTTGATGC
TCACTTGTAGAGAGTGACAGCTTTCCCCCATTAACATTAGTACTGCTGCTTGGACACTGAACCTTGGGCTGAAATTCGCGGTTACGCCAATCAGTTACTT
CAATAGGCATAGAAGTATGGCGCTGATCATCTGCAATGTCGTGGCTCTTCTGTTTCGAGGCTGAGCTGCCCAAGCTCAAATCCAAATTATGGTCTGATGG
CTTGCCTGAACATTCAGTGGAATTGAGTTCATCTTCATAGATGCTGGGATCAAAGTTGGTCACAGCTTCCTTGCCATTACACTTGATTGCAGCTTTATCA
TAAGCCCCTGGCAGCTTCAAT
dot-bracket secondary structure
.....(((....((((((.(((.....((((((.(((((((......(((.....((((.((((((....((((.....))))((.((((((((((((.(
(((.(((((((((((..((((((...........((.((((...))))..)).............))))))..))))..((((((((((......(((((
(..........))))))))))).))))).)))))))((..(((((((.(((......)))..))))))).)).((((((.((((....(((.((....((
....)).)).)))....)))).)))))).(((((....))))).)))))))))))))))).))..)))))).))))......))).))))))).))))))
....))).))))))..)))..
SIMILARITIES| miRBase vvi-MIR172c: 0.00009 PMRD ath-miR172m: 0.000001 microPC no hits | UniProt sp|P47927|AP2_ARATH: 3e-19 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
Source sequences
download this record
