ABOUT THIS RECORDspecies: Actinidia deliciosa
miRNA family: MIR172
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Actinidia deliciosa Actinidia Actinidiaceae Ericales asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA GGAATCCTGATGATGCTGCAG miRNA* GCAGCTTTATCATAAGCCCC mismatches: 5 bulges: 1 |
pre-miRNA
TGGTTATGATCTTCTGCTGTGGGAATCCTGATGATGCTGCAGCACTTGCAAACACTTGGCCGGGAGGAGGATTAACGATATTGAGTTGCCAATTTTGATGC
TCACTTGTAGAGAGTGACAGCTTTCCCCCATTAACATTAGTACTGCTGCTTGGACACTGAACCTTGGGCTGAAATTCGCGGTTACGCCAATCAGTTACTT
CAATAGGCATAGAAGTATGGCGCTGATCATCTGCAATGTCGTGGCTCTTCTGTTTCGAGGCTGAGCTGCCCAAGCTCAAATCCAAATTATGGTCTGATGG
CTTGCCTGAACATTCAGTGGAATTGAGTTCATCTTCATAGATGCTGGGATCAAAGTTGGTCACAGCTTCCTTGCCATTACACTTGATTGCAGCTTTATCA
TAAGCCCCTGGCAGCTTCAAT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: not a miRNA
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SIMILARITIES| miRBase vvi-MIR172c: 9.0E-5 PMRD ath-miR172m: 1.0E-6 microPC no hits | UniProt sp|P47927|AP2_ARATH: 3.0E-19 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
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