Common name: Medaka
Latin name: Oryzias latipes
Genome assembly: MEDAKA1
All retrocopies: 57
Parental genes: 43

Summary: Number of retrocopies :
Conserved ORF: 36 ORF 21 ORF
Expressed retrocopies (EST): 4 EST 53 EST

# RetrogeneDB ID Identity Coverage ORF conservation Expression evidence
1. retro_olat_1 71.88 % 74.60 % ORF EST
2. retro_olat_2 79.26 % 98.54 % ORF EST
3. retro_olat_3 69.09 % 99.84 % ORF EST
4. retro_olat_4 82.72 % 96.43 % ORF EST
5. retro_olat_5 99.17 % 100.00 % ORF EST
6. retro_olat_6 73.73 % 100.00 % ORF EST
7. retro_olat_7 68.18 % 98.51 % ORF EST
8. retro_olat_8 77.00 % 96.08 % ORF EST
9. retro_olat_9 51.79 % 97.46 % ORF EST
10. retro_olat_10 51.48 % 61.00 % ORF EST
11. retro_olat_11 58.01 % 91.63 % ORF EST
12. retro_olat_12 100.00 % 100.00 % ORF EST
13. retro_olat_13 84.24 % 94.82 % ORF EST
14. retro_olat_14 50.74 % 71.89 % ORF EST
15. retro_olat_15 56.38 % 73.70 % ORF EST
16. retro_olat_16 82.09 % 58.85 % ORF EST
17. retro_olat_17 81.94 % 99.79 % ORF EST
18. retro_olat_18 69.61 % 56.21 % ORF EST
19. retro_olat_20 68.51 % 100.00 % ORF EST
20. retro_olat_21 86.47 % 90.08 % ORF EST
21. retro_olat_22 71.47 % 92.99 % ORF EST
22. retro_olat_24 80.95 % 53.48 % ORF EST
23. retro_olat_25 85.71 % 77.21 % ORF EST
24. retro_olat_26 75.00 % 98.51 % ORF EST
25. retro_olat_27 99.33 % 100.00 % ORF EST
26. retro_olat_28 78.35 % 99.31 % ORF EST
27. retro_olat_29 98.94 % 100.00 % ORF EST
28. retro_olat_30 97.37 % 76.43 % ORF EST
29. retro_olat_31 80.93 % 62.43 % ORF EST
30. retro_olat_32 90.88 % 90.67 % ORF EST
31. retro_olat_34 54.26 % 55.02 % ORF EST
32. retro_olat_35 75.96 % 100.00 % ORF EST
33. retro_olat_36 86.90 % 50.23 % ORF EST
34. retro_olat_37 60.58 % 57.54 % ORF EST
35. retro_olat_38 67.43 % 100.00 % ORF EST
36. retro_olat_39 88.79 % 63.04 % ORF EST
37. retro_olat_40 74.75 % 57.69 % ORF EST
38. retro_olat_41 77.18 % 64.78 % ORF EST
39. retro_olat_42 75.54 % 60.43 % ORF EST
40. retro_olat_43 77.54 % 85.67 % ORF EST
41. retro_olat_44 66.91 % 76.84 % ORF EST
42. retro_olat_45 93.70 % 69.02 % ORF EST
43. retro_olat_46 92.91 % 69.02 % ORF EST
44. retro_olat_47 88.19 % 69.02 % ORF EST
45. retro_olat_48 57.84 % 92.45 % ORF EST
46. retro_olat_49 89.26 % 65.76 % ORF EST
47. retro_olat_50 82.73 % 75.54 % ORF EST
48. retro_olat_52 84.92 % 68.48 % ORF EST
49. retro_olat_53 86.72 % 84.67 % ORF EST
50. retro_olat_54 71.09 % 69.02 % ORF EST
51. retro_olat_55 66.08 % 88.35 % ORF EST
52. retro_olat_56 90.53 % 51.82 % ORF EST
53. retro_olat_57 50.34 % 63.25 % ORF EST
54. retro_olat_58 87.50 % 69.02 % ORF EST
55. retro_olat_60 91.34 % 69.02 % ORF EST
56. retro_olat_61 92.12 % 55.00 % ORF EST
57. retro_olat_63 81.29 % 75.54 % ORF EST
# Ensembl ID Symbol Description
1. ENSORLG00000019703
2. ENSORLG00000014457
3. ENSORLG00000016726
4. ENSORLG00000016889
5. ENSORLG00000013353
6. ENSORLG00000009479 mafba v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene family, protein B (avian) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-980526-515]
7. ENSORLG00000013217 vmhc (1 of 2) ventricular myosin heavy chain [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-991123-5]
8. ENSORLG00000008251 STMN2 (1 of 2) stathmin-like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:10577]
9. ENSORLG00000018644
10. ENSORLG00000018922
11. ENSORLG00000011804 ighv6-2 immunoglobulin heavy variable 6-2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040514-24]
12. ENSORLG00000018533 EF1-BETA
13. ENSORLG00000018734 RHOA
14. ENSORLG00000002214 adrb2b adrenergic receptor, beta 2b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-32]
15. ENSORLG00000019179 PFDN4
16. ENSORLG00000018244
17. ENSORLG00000003059 OLA.27032
18. ENSORLG00000019879
19. ENSORLG00000001192
20. ENSORLG00000014117 GNL3L
21. ENSORLG00000019689
22. ENSORLG00000014268
23. ENSORLG00000003393
24. ENSORLG00000010286
25. ENSORLG00000020283
26. ENSORLG00000008282 OLA.17881
27. ENSORLG00000011577 inip (2 of 2) ints3 and nabp interacting protein [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-961]
28. ENSORLG00000011310 LSM12 (2 of 2) LSM12 homolog (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:26407]
29. ENSORLG00000008831
30. ENSORLG00000020272 OLA.17735
31. ENSORLG00000010891
32. ENSORLG00000006070 cox6b2 (2 of 2) cytochrome c oxidase subunit VIb polypeptide 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-040426-1566]
33. ENSORLG00000001802
34. ENSORLG00000000298 RNF212 (2 of 2) ring finger protein 212 [Source:HGNC Symbol;Acc:27729]
35. ENSORLG00000009720 elfn1b extracellular leucine-rich repeat and fibronectin type III domain containing 1b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080327-21]
36. ENSORLG00000003375
37. ENSORLG00000013747 AKTIP
38. ENSORLG00000012235 SPAST
39. ENSORLG00000010979 RHO (2 of 2) rhodopsin [Source:HGNC Symbol;Acc:10012]
40. ENSORLG00000004946 FEM1C
41. ENSORLG00000006832 TNNT1 (2 of 2) troponin T type 1 (skeletal, slow) [Source:HGNC Symbol;Acc:11948]
42. ENSORLG00000001047 SCO1
43. ENSORLG00000020726
Retrogenes FASTA BED
TSV (download all or selected columns from MySQL table)
Parental genes FASTA BED
TSV (download all or selected columns from MySQL table)