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Species belonging to selected taxon:

Lactuca perennis, Lactuca saligna, Lactuca sativa, Lactuca serriola, Lactuca virosa



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST001296
species: Lactuca perennis
miRNA family: MIR164
source: miRNEST

Taxonomy by NCBI:
Lactuca perennis Lactuca Lactucinae Cichorieae Cichorioideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
 TGGAGAAGCAGGGTACGTGCA

miRNA*
 CATGTACCCGTCTTCACCATC

mismatches: 4
bulges: 0
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pre-miRNA
 AATACGAGGTTTATAAGGTAGGCGCACAAGATGGAGAAGCAGGGTACGTGCATTACTAACTCACATGGAAATTAAAACCAGCACTTGGATATTTTTTGAC
CTTATTAAAACTGCTGGGCCTTTGATAAACTGTTACTCAACATCTTTAATTTGTAATGTAAATTTGGTCTTTGGAACCCTAACCATAGCTGTGAGTTTAT
GTTTGATAAGAAAGGTAGTGTACTAGTGTGTTTAGAAGTCGAAGCCATATGCGACTAAACACACCGGGTACACACATTTGTTCTCTTTGATAAACTTGTG
CAAAGGGCGTTTGGGTGTCATAACTAAAGCATGTGTATGTACGTTCGATTTAAAAGACCTTTCGTAGTTTCATCAGAACGTGCGTACATTGAAAACACTT
TTTGTAGTGTAATTGAAGGTAAATGAAAATTTGTAACGATTGAATATCCTCTTCCAAAAGTCTCTGATCCGCCATTGAATGAGTTGGTGATTCATGTACC
CGTCTTCACCATCTTGACCACCTAAACCTTAATGTTGAAGA

dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase ptc-MIR164e: 0.00000000003

PMRD ptc-miRf11320-akr: 0.00000000003

microPC miR164: 0.000000008		UniProt no hits

RFAM MIR164: 0.0000000006		most similar mature miRNAs

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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
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