ABOUT THIS RECORDspecies: Picea sitchensis
miRNA family: MIR169
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Picea sitchensis Picea Pinaceae Coniferales Coniferopsida Coniferophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA AGCCAAGGATGATTTGCCGAC miRNA* TGGCGATTTGTCCTTGGCTAC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
AAATCATGTGGGATCTTGCATGAAAGGCCACAGTAGGTGATGGAGCCAAGGATGATTTGCCGACATCCACTCATAATCTGTCTGGACAAATGCATATTGT
ACATGACGTCATGATATGGAAGGAAGTTGGCGATTTGTCCTTGGCTACATATCTTGCTGTGCTTCTCATGCTAGACCTTAGATGAAAT
dot-bracket secondary structure
...((((.((((.(((.((((((.((((.((((((((..(((.((((((((((((.((((((((.(((..(((((.((.(((((.((((.......))))
.)).))).....)))))))..))).)))))))).)))))))))))).)))..)))))))))))).)))))).))).)))).))))...
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
AAATCATGTGGGATCTTGCATGAAAGGCCACAGTAGGTGATGGAGCCAAGGATGATTTGCCGACATCCACTCATAATCTGTCTGGACAAATGCATATTGT
ACATGACGTCATGATATGGAAGGAAGTTGGCGATTTGTCCTTGGCTACATATCTTGCTGTGCTTCTCATGCTAGACCTTAGATGAAAT
dot-bracket secondary structure
...((((.((((.(((.((((((.((((.((((((((..(((.((((((((((((.((((((((.(((..(((((.((.(((((.((((.......))))
.)).))).....)))))))..))).)))))))).)))))))))))).)))..)))))))))))).)))))).))).)))).))))...
SIMILARITIES| miRBase gma-MIR169c: 0.0006 PMRD ptr-miR169b: 0.0001 microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
