ABOUT THIS RECORDspecies: Populus nigra
miRNA family: MIR159
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Populus nigra Populus Saliceae Salicaceae Malpighiales fabids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA miRNA* GAGCTCCTTGAAGTCCAATAG mismatches: 3 bulges: 0 |
pre-miRNA
GATGAGTGATGGATTGTGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAATAGAAGCTCCTGCTGGGTAGATCGAGCTGCTGAGCTATGAATCCCACAGCCCTATCACC
ATCAGTCATTTTGATGGGCCTGCGGCTTGCATATCTCAGGAGCTTTATTACCTAATGTTAGATCTTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTAAACCTTTGATC
TTTTCAGCC
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ptc-MIR159b: 1e-88 PMRD ptc-miR159b: 1e-88 microPC miR159: 1e-79 | UniProt no hits RFAM MIR159: 1e-76 | most similar mature miRNAs |
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