ABOUT THIS RECORDspecies: Taraxacum kok-saghyz
miRNA family: MIR393
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Taraxacum kok-saghyz Taraxacum Crepidinae Cichorieae Cichorioideae Asteraceae Asterales campanulids asterids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCAAAGGGATCGCATTGATC miRNA* TCATGTGATGTCTTTGGAAG mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
CACTAGATTTGATTATGTTGCAGCAGGCGGAAGCTTCCAAAGGGATCGCATTGATCCGGTTTATTAGATGATGTGATTCATTCGTATTTGTTTCAGGATT
ATCCATCCATGGAAGCAACTCGATCTGAGATGATAATTAATAATTTGGATCATGTGATGTCTTTGGAAGTTTCCGTCAGTGTTTGCATTGATCTATCCAT
C
dot-bracket secondary structure
.....(((..(((((...((((((.((((((((((((((((((.(((((((.(((((((.(((((((.((...((.((((.(((...(((((((.((((.
....))))...)))))))..)))..)))).)).)).))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))))).))...)))).))))).)))...
.
SIMILARITIES
MORE
miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
CACTAGATTTGATTATGTTGCAGCAGGCGGAAGCTTCCAAAGGGATCGCATTGATCCGGTTTATTAGATGATGTGATTCATTCGTATTTGTTTCAGGATT
ATCCATCCATGGAAGCAACTCGATCTGAGATGATAATTAATAATTTGGATCATGTGATGTCTTTGGAAGTTTCCGTCAGTGTTTGCATTGATCTATCCAT
C
dot-bracket secondary structure
.....(((..(((((...((((((.((((((((((((((((((.(((((((.(((((((.(((((((.((...((.((((.(((...(((((((.((((.
....))))...)))))))..)))..)))).)).)).))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))))).))...)))).))))).)))...
.
SIMILARITIES| miRBase sbi-MIR393: 0.0000002 PMRD sbi-miR393: 0.0000002 microPC miR393: 0.000000003 | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
Source sequences
download this record
