ABOUT THIS RECORDspecies: Chlamydomonas reinhardtii
source: miRBase, original name: cre-MIR909 (MI0005702)
Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTCAGGGTCAAGTTTGCATGC miRNA* ATGCAAACATGACCCTGAATG mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
GTTCCCGCACACGTGGCTGAAGGTCGCGGAGCTCTTTGCCGACACGGTGGCCATGTGGTCCCGCAGCTCCTTGCCACACGGGCATGCAAACATGACCCTG
AATGGCCCTGCCTGCGGCCTGCCCCGCTCCAGGGCCTTCTGCTGCTGATGGTGCAGATGCGGCTGGTGCTGGTCAAACCGGTGGTGGTGGTGCTGGTGCT
GTTCGGGCTCCTGCTGCACCGGCAGTAGCGCCAGCAGCTGGAGCAGGTACAGGGCGGCCGCCAGCGGCAGCACCACCACCACCACCACCGGTTCGACCAG
CACCAGCCGCACCTGCACCACCAGCAGCGGATAGAAGGCTCCGGAGCGGGGCAGGCCCAGGCAGGGCCATTCAGGGTCAAGTTTGCATGCCCGTGTGGCA
AGACGCTGCGGTACCACATGGCCACCGTGTCGGCGAAGGGCTCCGTGACCTTCAGCCACTTGTGCGGGAAC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
[2] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
GTTCCCGCACACGTGGCTGAAGGTCGCGGAGCTCTTTGCCGACACGGTGGCCATGTGGTCCCGCAGCTCCTTGCCACACGGGCATGCAAACATGACCCTG
AATGGCCCTGCCTGCGGCCTGCCCCGCTCCAGGGCCTTCTGCTGCTGATGGTGCAGATGCGGCTGGTGCTGGTCAAACCGGTGGTGGTGGTGCTGGTGCT
GTTCGGGCTCCTGCTGCACCGGCAGTAGCGCCAGCAGCTGGAGCAGGTACAGGGCGGCCGCCAGCGGCAGCACCACCACCACCACCACCGGTTCGACCAG
CACCAGCCGCACCTGCACCACCAGCAGCGGATAGAAGGCTCCGGAGCGGGGCAGGCCCAGGCAGGGCCATTCAGGGTCAAGTTTGCATGCCCGTGTGGCA
AGACGCTGCGGTACCACATGGCCACCGTGTCGGCGAAGGGCTCCGTGACCTTCAGCCACTTGTGCGGGAAC
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES| miRBase cre-MIR909: 6e-77 PMRD no hits microPC no hits | UniProt no hits RFAM no hits |
MOREmiRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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evidence: cloned
references
[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
[2] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"
