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Species belonging to selected taxon:

Botryococcus braunii, Coccomyxa sp. C-169, Volvox carteri, Chlamydomonas reinhardtii



ABOUT THIS RECORD

ID: MNEST039310
species: Chlamydomonas reinhardtii
source: miRBase, original name: cre-MIR909 (MI0005702)

Taxonomy by NCBI:
Chlamydomonas reinhardtii Chlamydomonas Chlamydomonadaceae Chlamydomonadales Chlorophyceae Chlorophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms






SEQUENCE & STRUCTURE
miRNA
TTCAGGGTCAAGTTTGCATGC

miRNA*
ATGCAAACATGACCCTGAATG

mismatches: 1
bulges: 0

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pre-miRNA
GTTCCCGCACACGTGGCTGAAGGTCGCGGAGCTCTTTGCCGACACGGTGGCCATGTGGTCCCGCAGCTCCTTGCCACACGGGCATGCAAACATGACCCTG
AATG
GCCCTGCCTGCGGCCTGCCCCGCTCCAGGGCCTTCTGCTGCTGATGGTGCAGATGCGGCTGGTGCTGGTCAAACCGGTGGTGGTGGTGCTGGTGCT
GTTCGGGCTCCTGCTGCACCGGCAGTAGCGCCAGCAGCTGGAGCAGGTACAGGGCGGCCGCCAGCGGCAGCACCACCACCACCACCACCGGTTCGACCAG
CACCAGCCGCACCTGCACCACCAGCAGCGGATAGAAGGCTCCGGAGCGGGGCAGGCCCAGGCAGGGCCATTCAGGGTCAAGTTTGCATGCCCGTGTGGCA
AGACGCTGCGGTACCACATGGCCACCGTGTCGGCGAAGGGCTCCGTGACCTTCAGCCACTTGTGCGGGAAC


dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
miRBase cre-MIR909: 6e-77

PMRD no hits

microPC no hits
UniProt no hits

RFAM no hits

MORE

miRNEST target predictions
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
additional data
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evidence: cloned

references

[1] Zhao T, Li G, Mi S, Li S, Hannon GJ, Wang XJ, Qi Y, Genes Dev. 21:1190-1203(2007)., "A complex system of small RNAs in the unicellular green alga Chlamydomonas reinhardtii"
[2] Molnar A, Schwach F, Studholme DJ, Thuenemann EC, Baulcombe DC, Nature. 447:1126-1129(2007)., "miRNAs control gene expression in the single-cell alga Chlamydomonas reinhardtii"




Liczniki na strone;