ABOUT THIS RECORDspecies: Gossypium hirsutum
miRNA family: MIR393
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Gossypium hirsutum Gossypium Malvoideae Malvaceae Malvales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TCCAAAGGGATCGCATTGATC miRNA* TCATGCGATCCCTTCGGAAT mismatches: 1 bulges: 1 |
pre-miRNA
TTCCTAGTGCAGGTGGAGAGCTCCAAAGGGATCGCATTGATCTAATGTTGATGATGGGCTTCCTTGAAAACCTTAACGAATTAATTATTGATTTTTGTTG
ATTCAGTTCAGTACCCATTGGATCATGCGATCCCTTCGGAATTTTCCATCGCTAGCTCTA
dot-bracket secondary structure
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non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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SIMILARITIES| miRBase ghr-MIR393: 5e-75 PMRD ghr-miR393: 4e-63 microPC miR393: 0.0000001 | UniProt no hits RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
Identical with: ghr-miR393 from PMRD (MNEST048501) |
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