ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica napus
miRNA family: MIR319
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Brassica napus Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT miRNA* GGAGCTTTCTTCGGTCCACTC mismatches: 1 bulges: 0 |
pre-miRNA
ATGCTGGGTTGGTGGGGGAAGGGAGCTTTCTTCGGTCCACTCATAGAATAATATGTGAGATTTAATTGACTCTCGACTCATTCATCCAAATACCAAATGA
AAGAATATGTAGACATATGGTAAATGAATGAATGATGCTAGAGACAAATTGAATCTTCACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTTTATT
TTCCTGTAT
dot-bracket secondary structure
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SIMILARITIES
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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AAGAATATGTAGACATATGGTAAATGAATGAATGATGCTAGAGACAAATTGAATCTTCACTTCTCTATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTTTTTTTATT
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SIMILARITIES| miRBase aly-MIR319b: 6e-75 PMRD ath-miR319b: 4e-73 microPC miR319: 5e-94 | UniProt no hits RFAM MIR159: 3e-74 | most similar mature miRNAs |
Identical with: miR319 from microPC (MNEST046215) |
MOREmiRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
HuntMi prediction: true miRNA
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