ABOUT THIS RECORDspecies: Brassica oleracea var. alboglabra
miRNA family: MIR1885
source: miRNEST
Taxonomy by NCBI:
Brassica oleracea var. alboglabra Brassica oleracea Brassica Brassicaceae Brassicales malvids rosids core eudicotyledons eudicotyledons Magnoliophyta Spermatophyta Euphyllophyta Tracheophyta Embryophyta Streptophytina Streptophyta Viridiplantae Eukaryota cellular organisms
SEQUENCE & STRUCTURE| miRNA CATCAATGAAAGGTATGATTCC miRNA* AATCACACTTTCATTGATAAT mismatches: 3 bulges: 1 |
pre-miRNA
TNAAAATCTTCTTCTGTATTTTCTTCTNNNGACTTCCTTCTTCTTTGTCNNNAACTGTCTCCATCCTGTCTTCACGAGCTTCCTCTAGAAGATGTGCGCAG
AGTCTTTCTAAGTCACACTCATAAAGAGTTCAAAGAAAAGGAATCACACTTTCATTGATAATGAAATCAATAGAGAATGCTACTGAGCTCCTACAGGCGA
TTAGAAAATCTAATATGGCGATAGTCTTGCTCTCTATGAAGTGTCTATGAGAACAAGATTATCGCGATCTTAGATCCTCTAATTGCTTGTAAGAGCTGAT
CACCAATGGATCATTCGCTATTGATCTCTTCATCAATGAAAGGTATGATTCCCTTTCTTTGAAATTCCTTTTGAATGTGACTGAGAAAGCTTCTATGTAC
ATCTTCTCCGCGGAAGCTCATGAAAACAAGGTAGAACCAATTGTGGACAAAGAAGGAAGACATGAAAAAGATAGAGAAGAAGATCAACTT
dot-bracket secondary structure
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miRNEST target predictions: none
non-miRNEST targets: none
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SIMILARITIES| miRBase bra-MIR1885: 1.0E-68 PMRD bra-miR1885: 1.0E-68 microPC no hits | UniProt sp|O82500|Y4117_ARATH: 3.0E-13 RFAM no hits | most similar mature miRNAs |
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